Teroristé vyhodili do povětří budovu v texaském Dallasu a agenti FBI Fox Mulder (David Duchovny) a Dana Scullyová (Gillian Anderson) se zaplétají do konspirační hry, která nebezpečím překonává vše, co dosud zažili. Společně s podivínským paranoidním doktorem (držitel ceny Akademie® Martin Landau) musí Mulder a Scullyová riskovat své vlastní kariéry i holé životy, aby zničili smrtící virus, který je pravděpodobně mimozemského původu a život na Zemi by nadobro zahubil. Hledání pravdy jim staví do cesty tajemný Syndikát - spolek mocných lidí, kteří se nezastaví před ničím, jen aby uchovali své tajemství v bezpečí. Vyšetřování zavádí agenty z texaské jeskyně do sálů ústředí FBI, aby nakonec skončili na tajné základně v Antarktidě, která ukrývá to největší tajemství ze všech.